La ligne R Transilien a pour origine Paris gare de Lyon et se divise en trois branches à Melun. Les deux premières se dirigent vers Montereau, l’une par la rive droite de la Seine, via Héricy, l’autre par la rive gauche en desservant notamment Fontainebleau et Moret-Veneux les Sablons. La troisième se sépare de la précédente à Moret-Veneux les Sablons et se poursuit jusqu’à Montargis.
Jusqu’à présent les dessertes sont assurées en alternance par des TER Bourgogne-Franche Comté (BFC) et des trains Transilien avec une certaine complexité pour l’information. Ainsi le voyageur doit savoir si le train qu’il envisage de prendre appartient à l’Ile-de-France où s’il s’agit d’une mission TER, pour voir sur les applications SNCF la voie de départ de son train. De plus, les calculateurs d’itinéraires n’indiquent pas toujours les correspondances optimales entre trains Transilien et TER.
En conséquence, la région BFC voudrait progressivement cesser de desservir l’Ile-de-France à partir de 2024, tout en conservant les liaisons les plus rapides avec Paris.